En 1747, un arrêt du Conseil du Roi nomme Jean Rodolphe Perronet à la tête du Bureau des dessinateurs du Roi. Remarqué par Trudaine - intendant des finances, il a pour mission de former géomètres et dessinateurs des plans et cartes pour leur permettre de remplir les différents emplois des ponts et chaussées. Cette formation s’étendra à celle des ingénieurs des Ponts et Chaussées et au contrôle de leur action dans les Généralités. Ainsi commence l'histoire de la plus ancienne école française d'ingénieurs, qui devient en 1775, l'École royale des ponts et chaussées et dont l’organisation est son œuvre.
Animateur et pédagogue, Perronet est aussi le véritable « père spirituel » des 350 ingénieurs qu'il a formés au cours des 47 ans de sa carrière de directeur, mais aussi placés à leur sortie de l’École et souvent suivis et conseillés au cours de leur vie professionnelle. Son empreinte est toujours vivante aujourd’hui malgré les réformes de ses successeurs, notamment Lamblardie et Prony.
L'œuvre de l'ingénieur Perronet est tout aussi remarquable et novatrice que celle du gestionnaire. En atteste la vingtaine de ponts qu'il projette ou fait construire. Formé à l'architecture, il rompt avec les théories constructives traditionnelles héritées de Rome et du Moyen-Âge et propose de nouveaux modèles d'ouvrages d'art. Constructeur de plus de 2500 km de routes plantées, mais aussi hydraulicien (projets et travaux sur des canaux, rades et ports), il donne également son avis sur une multitude d'autres projets.
Il s'intéresse aussi, dès 1739, à l'organisation du travail. Ces travaux sont repris dans l'encyclopédie de d’Alembert et Diderot et l'encyclopédie méthodique Panckouke. Il étudie en détail les différents postes de travail, les gestes, les équipements, et la productivité des ouvriers.
Nommé en 1763, « Premier Ingénieur, Premier Architecte », membre associé de l'Académie royale des sciences, il est aussi de 1757 à 1786, Inspecteur Général des Salines, puis en 1768 l'un des directeurs de la Carte de Cassini. Il est anobli par Louis XV, en 1763.
Ses mérites sont également honorés par la Révolution naissante qui, par un vote de l’Assemblée constituante de 1791, lui octroie une rente de 22 600 livres « à raison de ses longs et excellents services ».
L'ami de Voltaire, Diderot, Buffon et Bélidor, le "Vauban des ponts et chaussées », s'éteint le 27 février 1794 tout près du pont Louis XVI (pont de la Concorde) dont l’achèvement en 1791, couronnait une carrière exemplaire.